TRAMA:
Dopo aver recuperato i 30 pezzi della sua navicella spaziale Dolphin, il capitano Olimar ritorna nel suo pianeta natale Hocotate. Vengono ad accoglierlo il Presidente della Hocotate Trasporti e Louie il nuovo impiegato sbadato con delle brutte notizie. Il Presidente spiega ad Olimar il terribile fatto a cui ha assistito impotente lo stesso Louie: un coniglio spaziale ha divorato un grosso carico di carote Pikpik. Dopo questo fattaccio il Presidente della Hocotate ha chiesto un prestito enorme per ripianare il danno, ed ha venduto la "vecchia" navicella di Olimar, la Dolphin, ma senza risolvere niente. Il debito è comunque di 10.100 piklari.Appena il presidente finisce di raccontare i fatti ad Olimar cade di mano un semplice tappo di bottiglia e in quel mentre i sensori della Dolphin impazziscono perché sentono odore di soldi. Infatti, analizzato il "Tesoro", la navicella deduce che il valore del tappo è di 100 piklari! Allora il Presidente, sbalordito e felice, ordina a Louie di unirsi ad Olimar per cercare altri tesori per risolvere il debito contratto. Quindi Olimar e il compagno Louie partono alla volta del pianeta dove Olimar ha avuto l'incidente. Il compito del giocatore è di aiutare i due Leader a trovare i tesori con l'aiuto dei Pikmin. A questa avventura sono stati aggiunti 2 nuove specie di Pikmin: i velenosi Pikmin bianchi e i robustissimi Pikmin viola. Sono stati aggiunti poi nuovi nemici di diverso tipo.
STORIA PRINCIPALE:
Nella modalità principale del gioco s'impersona Olimar e Louie che devono recuperare dei 'tesori' con l'immancabile aiuto dei Pikmin. Durante questa modalità si dovrà recuperare vari oggetti per una somma tale di 10.000 piklari. Olimar e Louie dovranno muoversi in determinate aree fino al tramonto, quando dovranno partire con la navicella perché durante la notte le creature notturne si svegliano per cibarsi. Questa modalità è pressoché simile a quella del primo Pikmin, solo che non c'è un limite di 30 giorni, ci sono nuove creature, e nuovi Pikmin, e inoltre si possono comandare sia Olimar sia Louie.
MODALITA' DUE GIOCATORI:
In questa modalità si può giocare in degli scontri a due giocatori, dei quali uno impersonerà Olimar e l'altro Louie. Per vincere bisogna rubare la biglia dell'avversario, oppure basta prendere le 4 biglie gialle disseminate nella mappa. Invece, prendendo le ciliege, apparirà la roulette che deciderà casualmente un bonus per il giocatore o una distrazione per il giocatore nemico. Si può guerreggiare in diverse mappe create apposta per questa modalità e si può variare il numero di Pikmin disponibili dall'inizio della sfida.
MODALITA' SFIDA:
Questa modalità non è disponibile dall'inizio ma si può sbloccare ad un certo punto della storia. In quest'altra modalità bisogna superare delle sfide con un numero prefissato di Pikmin iniziali. Durante la sfida bisognerà trovare la chiave per aprire un varco per il livello successivo. Se si completa tutte le sfide senza perdere un solo Pikmin si otterrà un bonus.
Nel 2009 è uscito New Play Control! Pikmin, un adattamento per Nintendo Wii del videogioco Pikmin.