Il covo dei ladri prende atto due anni dopo gli eventi di Drake's Fortune. In maniera simile alla storia precedente, la nuova avventura di Nathan "Nate" Drake ruota attorno ad un mistero storico irrisolto su Marco Polo ed il suo famoso viaggio di ritorno dalla Cina nel 1292. Dopo essere stato per quasi 20 anni alla corte dell'imperatore Kublai Khan, Marco Polo partì con 14 navi ed oltre 600 persone tra passeggeri ed equipaggio, ma quando arrivò a destinazione un anno e mezzo dopo, rimasero soltanto una nave e 18 passeggeri. Anche se Marco Polo descrisse praticamente ogni cosa del suo viaggio in minuzioso dettaglio, non rivelò mai cosa accadde alla sua flotta perduta.
La storia inizia con Nate ferito e malconcio, che si risveglia in un treno deragliato che sta per cadere giù da una montagna. Riesce a mettersi in salvo ed a recuperare un Phurba mezzo sepolto nella neve. A questo punto inizia un flashback: tre mesi prima viene raggiunto dal suo vecchio amico Harry Flynn e dalla sua ragazza (e vecchia fiamma di Nate) Chloe Frazer. Gli raccontano che il cliente di Flynn, Zoran Lazarevic, vuole che recuperi una lampada ad olio da un museo. Nate all'inizio rifiuta, ma accetta quando scopre che potrebbe celare la risposta al destino delle navi di Marco Polo. Un altro flashback rivela che Nate e Chloe stavano pianificando di scappare insieme dopo aver rinvenuto il tesoro all'insaputa di Flynn.
Ad Istanbul Nate e Flynn irrompono nel museo e dopo aver superato le guardie trovano la lampada e la rompono per trovare una pergamena all'apparenza completamente nera e della resina. Nate brucia la resina, la cui luce rivela nella pergamena una mappa e l'esistenza di lettere apocrife di Polo. Nate scopre che la flotta venne colpita da uno tsunami al largo della costa occidentale del Borneo e che trasportavano la pietra Cintamani da Shambhala (altrimenti nota come Shangri-La). Nel momento in cui si preparano ad andarsene, Flynn sfodera una pistola e spara ad uno dei vetri delle teche facendo scattare l'allarme. Flynn quindi tiene sotto tiro Nate fino all'arrivo delle guardie, e lascia Nate in balia della sorveglianza. Nate tenta di scappare, ma viene catturato dalla polizia turca. Tre mesi dopo, il suo vecchio amico Victor "Sully" Sullivan lo va a trovare in prigione, dicendogli di aver pagato la cauzione. Chloe si mostra e Nate dice a Sully di cacciarla via, ma lei gli rivela di non aver nulla a che fare con il doppio gioco di Flynn. Solo dopo che Sully informa Nate che Lazarevic ha trovato la flotta perduta, Nate decide di andare alla ricerca della pietra.
In Borneo, Nate e Sully trovano l'accampamento di Lazarevic e lo osservano mentre uccide uno dei suoi uomini colpevole di aver rubato un reperto dal sito di scavo. Nate e Sully fanno esplodere le cariche esplosive che Chloe aveva precedentemente piazzato attorno al campo, in modo che Lazaveric ed i suoi abbandonino temporaneamente l'accampamento. Nate scopre, attraverso le lettere di Marco Polo trovate da Lazarevic, che gli uomini di Polo sfuggirono allo tsunami sulla montagna vicina. Nate, Sully e Chloe raggiungono l'ultimo rifugio dell'equipaggio di Polo in un antico tempio, e lì scopre che tutta la compagnia è ridotta a scheletri con i denti neri. Nate accende della resina e segue la vecchie tracce di sangue fino ad una scatola contenente un Phurba ed un'altra pergamena di Polo che svela un ulteriore indizio rigurardo un tempio nella città di Kathmandu in Nepal. Chloe li supera e torna all'ingresso delle rovine, ma stanno sopraggiungendo gli uomini di Flynn: non le rimane che restare sotto copertura e fare finta di aver scovato i suoi amici. Flynn prende la mappa ed ordina a due guardie di condurre Nate e Sully da Lazarevic. Lontana dagli occhi di Flynn, Chloe uccide le due guardie e dà a Nate il Phurba dicendogli di incontrarsi in Nepal. Sully e Nate vengono però scoperti e scappano fino ad un scogliera. Facendo il punto della situazione, Sully informa Nate che non lo accompagnerà in Nepal, sentendosi "troppo vecchio per queste cose" e, ormai braccati, si tuffano.
In Nepal, Nate trova la città divisa da una guerra civile e Lazarevic in cerca del tempio. Ma, arrivato in città, viene attaccato da un camion pieno di soldati e combatte per le strade della città per trovare Chloe. Nate scopre che uno dei simboli sul Phurba è lo stesso che è sul tempio che stanno cercando. Quindi vanno sul tetto di un hotel, l'edificio più alto della città, solo per scoprire che il tempio giusto è in mezzo al campo di Lazarevic. Mentre sono sul tetto, un elicottero Mil Mi-24 viene allertato della loro posizione. Dopo essere stati quasi uccisi in un edificio pericolante, Nate riesce ad abbattere l'elicottero, ma viene separato da Chloe. Mentre gira in una via sente delle voci. Gira l'angolo e scopre Elena Fisher ed il suo cameraman Jeff che stanno cercando Lazarevic nella speranza di avere una buona storia. Chloe si mostra e scopre che Elena e Nate una volta stavano insieme. Nate gli dice che Elena e Jeff vengono con loro, con sia Chloe ed Elena che protestano fino a che non compare un secondo elicottero. Si inoltrano nel tempio, e scoprono che la pietra e Shamballah sono nelle montagne della Himalaya. Nel frattempo Jeff viene colpito da uno degli uomini di Lazarevic e Nate, Elena, e Chloe cercano di portarlo al sicuro, nonostante le proteste di Chloe. Quando raggiungono una strada senza uscita Chloe punta una pistola a Nate ed Elena allo spuntare di Flynn e Lazarevic. Flynn manda Chloe al loro treno mentre Lazarevic uccide Jeff. Lazarevic minaccia Nate dicendo che ucciderà Elena se non gli dice dove si trova la pietra. Flynn trova la mappa e Lazarevic prende il Phurba e lo dà al suo luogotenente, Draza. Quindi si dirigono al deposito treni, mentre Flynn viene lasciato indietro ad uccidere Nate ed Elena, che lo spinge via prima di scappare.
Nate decide di andare al treno per salvare Chloe. A Elena il piano non piace, ma decide di aiutarlo. Nate riesce a trovare il deposito treni. Tuttavia viene circondato dagli uomini di Lazarevic che lo costringono a rimanere al riparo, mentre il treno parte senza di lui. Fortunatamente, Elena arriva con una jeep e aiuta Nate a raggiungere il treno; riesce a saltare appena in tempo sull'ultima carrozza. Nate quindi si dirige verso il primo vagone, sulla sua via incontra Draza, che per poco non riesce ad ucciderlo finché non arriva Chloe che gli spara alla testa. Quindi dice a Nate di andarsene. Arrabbiato, Nate inizia ad aggredirla solo per essere colpito alla stomaco da Flynn. Nate, con nessun'altra opzione, spara a dei contenitori di gas propano uccidendo gli uomini di Flynn, ma mandando Nate e metà del treno fuori dai binari, in bilico su un burrone.
Tornado all'inizio, Nate attraversa una tormenta di neve ma cade incosciente. Quindi si sveglia in un villaggio tibetano dopo essere stato salvato da uno degli uomini del villaggio di nome Tenzin. Tenzin lo porta da Elena (che aveva seguito le tracce dell'incidente) e al capo del villaggio, un vecchio tedesco di quasi 90 anni di nome Karl Schafer. Schafer dice a Nate che il Phurba è la chiave per Shambala, anche se Nate dice di essere stanco a fare l'eroe, Schafer rivela che se Lazarevic riuscirà a prendere la pietra nessuno potrà fermarlo. Quindi manda Nate e Tenzin a cercare i resti della sua spedizione in cerca di Shambala 70 anni prima. Nelle caverne di ghiaccio Nate e Tenzin scoprono che gli uomini di Schafer erano SS Ahnenerbe e che furono uccisi dallo stesso Schafer per proteggere il mondo dal potere della pietra. Scoprono inoltre dei mostri demoniaci che abitano nelle grotte. Alla loro fuga, scoprono che Lazarevic ha attaccato il villaggio di Tenzin e rapito Schafer. Nate e Tenzin sconfiggono gli uomini di Lazarevic e distruggono anche un carro armato e salvano il villaggio dalla distruzione totale. Nate ed Elena quindi vanno alla ricerca di Schafer. Dopo aver distrutto metà del convoglio di Lazaerevic, il camion di Nate ed Elena viene mandato giù in un precipizio; riescono tuttavia a salvarsi. Quindi raggiungono un antico monastero buddhista che nasconde l'entrata segreta per Shambala. Elena e Nate combattono attraverso i molti edifici del monastero in cerca di Schafer, quando lo trovano è quasi morto a causa delle botte che Lazarevic gli ha dato per le informazioni. Prima di morire, Schafer dice a Nate che deve distruggere la pietra Cintamani, e di credergli.
Nate ed Elena vanno alla ricerca del Phurba. Lo trova da Chloe che glielo da solo con la promessa di uccidere Lazarevic. Nate ed Elena trovano il passaggio segreto per Shambala. Ma presto arriva Lazarevic che minaccia Nate di uccidere sia Elena che Chloe se Nate non apre le porte. Nate apre le porte e vengono attaccati dagli stessi mostri delle caverne di ghiaccio. Lazarevic uccide i mostri e scopre che in realtà sono i Guardiani di Shambala, vestiti come mostri per spaventare chiunque sia vicino alla città. Al loro arrivo a Shambala, Lazarevic si prepara ad uccidere sia Elena che Nate, ma poco prima che prema il grilletto, altri Guardiani arrivano ed attaccano gli uomini di Lazarevic, permettendo a Nate, Elena e Chloe di scappare. Riuniti, cercano di raggiungere il tempio nel centro della città contenente la pietra per primi, ma una volta lì scoprono che Polo si sbagliava, che la pietra non era uno zaffiro gigante ma una grande pietra di Ambra creata con la resina dell'Albero della vita. Scoprono che Lazarevic sta andando proprio dall'Albero della vita. Appena però si preparano a fermarlo, compare Flynn pesantemente ferito. Elena cerca di aiutarlo, ma gli dice che Lazarevic gli ha lasciato un regalo, una granata con la spoletta mancante. Flynn fa cadere la bomba, uccidendo se stesso e andando vicino all'uccidere Elena. Chloe e Nate la aiutano a raggiungere l'entrata, una volta lì Nate dice a Chloe di portarla il più lontana possibile da lì. Nate quindi si dirige da solo a fermare Lazarevic. Nate trova Lazarevic alla base dell'Albero della vita a bere la linfa che cura le sue cicatrici; Nate quindi lo affronta in combattimento e sconfigge Lazarevic. Lazarevic dice a Nate che non sono diversi e che lo invita ad ucciderlo. Nate rifiuta, ma lascia Lazarevic ai Guardiani, che iniziano a picchiarlo come scimmie selvaggiamente fino alla morte.
Nate, Chloe ed Elena scappano dalla città di Shambala che la resina dell'Albero inizia a distruggere. Elena inizia a perdere conoscenza. Tornati al villaggio tibetano, Tenzin e Nate stanno di fronte ad una tomba recitando una preghiera. Compare Chloe che chiede se Nate ami davvero Elena. Risponde di sì, e Chloe felicemente dice che dovrebbe dirglielo; a sorpresa compare Sully che sorregge Elena guarita. Chloe e Nate si dicono quindi un addio all'arrivo di Elena e Sully. Elena e Nate guardano la tomba di Schafer, Elena dice a Nate che avrebbe approvato. Il gioco finisce con Elena che chiede a Nate dove andranno ora, Nate risponde con un "Non lo so," egli ed Elena quindi si baciano, "Non ci ho ancora pensato." Quindi entrambi si dirigono sul bordo di un burrone e guardano il sole tramontare dietro le montagne.
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Originariamente Scritto da Rocky
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